化膿性扁桃體炎在臨床上主要需要和以下幾種疾病進行鑒別診斷。首先是咽白喉，該疾病是由于白喉桿菌感染造成的，白色假膜覆蓋的范圍通常會超過扁桃體，同時還可能出現(xiàn)較為特殊的全身性中毒癥狀。其次是樊尚式咽峽炎，這是一種亞急性的扁桃體炎，癥狀和化膿性扁桃體炎非常相似，但是該疾病的癥狀通常只局限于單側(cè)扁桃體。同時還需要和白血病性咽峽炎進行鑒別，該疾病患者的咽喉部位通常不會出現(xiàn)明顯的疼痛感，同時還可能會出現(xiàn)較為明顯的全身性出血現(xiàn)象。