化膿性扁桃體炎最常見的病原菌為乙型溶血性鏈球菌。還包括流感嗜血桿菌、肺炎鏈球菌、葡萄球菌等，也有部分患者為厭氧菌感染。其次可能是病毒感染引起的，比如鼻病毒、腺病毒等，也可能是細(xì)菌以及病毒混合感染。不同的病原菌感染可以使用相應(yīng)的藥物治療，一般鏈球菌感染時(shí)，可以使用青霉素藥物；若為肺炎支原體感染，可以使用阿奇霉素藥物。病毒感染的患者一般不需要使用抗病毒藥物，可以自行恢復(fù)。