陰道斜隔是罕見女性生殖道畸形，確切病因未完全明確，一般認(rèn)為與胚胎發(fā)育異常有關(guān)，胚胎發(fā)育中雙側(cè)副中腎管融合異常致陰道縱隔未完全吸收形成，女性胚胎發(fā)育關(guān)鍵期易出現(xiàn)，有家族遺傳易感性人群相對更易，但無明確單一基因等與之直接關(guān)聯(lián)，是多因素胚胎發(fā)育紊亂導(dǎo)致。

從胚胎學(xué)角度來看，正常情況下雙側(cè)副中腎管融合形成子宮、陰道等結(jié)構(gòu)，若在融合過程中出現(xiàn)異常，比如一側(cè)副中腎管發(fā)育過度并與對側(cè)副中腎管及尿生殖竇連接異常等情況，就可能導(dǎo)致陰道斜隔的發(fā)生。這種胚胎發(fā)育的異常不受年齡、性別特定因素的絕對限制，但在女性胚胎發(fā)育階段是關(guān)鍵的影響時(shí)期。對于有家族遺傳易感性的人群，可能相對更易出現(xiàn)胚胎發(fā)育過程中的這種異常情況，但目前并沒有明確的單一基因等遺傳因素能確切證實(shí)與陰道斜隔的直接關(guān)聯(lián)，更多是考慮多因素的胚胎發(fā)育紊亂導(dǎo)致。