陰道斜隔是罕見女性生殖道畸形，確切病因未完全明確，一般認為與胚胎發(fā)育異常有關(guān)，胚胎發(fā)育中雙側(cè)副中腎管融合異常致陰道縱隔未完全吸收形成，女性胚胎發(fā)育關(guān)鍵期易出現(xiàn)，有家族遺傳易感性人群相對更易，但無明確單一基因等與之直接關(guān)聯(lián)，是多因素胚胎發(fā)育紊亂導(dǎo)致。

從胚胎學(xué)角度來看，正常情況下雙側(cè)副中腎管融合形成子宮、陰道等結(jié)構(gòu)，若在融合過程中出現(xiàn)異常，比如一側(cè)副中腎管發(fā)育過度并與對側(cè)副中腎管及尿生殖竇連接異常等情況，就可能導(dǎo)致陰道斜隔的發(fā)生。這種胚胎發(fā)育的異常不受年齡、性別特定因素的絕對限制，但在女性胚胎發(fā)育階段是關(guān)鍵的影響時期。對于有家族遺傳易感性的人群，可能相對更易出現(xiàn)胚胎發(fā)育過程中的這種異常情況，但目前并沒有明確的單一基因等遺傳因素能確切證實與陰道斜隔的直接關(guān)聯(lián)，更多是考慮多因素的胚胎發(fā)育紊亂導(dǎo)致。