先天性巨結腸的預后情況因個體差異和病情嚴重程度而異。

大部分患者的預后是比較滿意的，若能早期發(fā)現并接受規(guī)范治療，如采用等滲鹽水洗腸、擴肛等保守治療配合根治性手術治療，一般能達到臨床治愈，且不易復發(fā)。少數患者可能出現術后齒線上吻合口狹窄、直腸黏膜脫垂等并發(fā)癥，或術后腸功能恢復較慢等情況，但通常經對癥治療后可逐漸好轉。對于合并腸道炎癥且沒有及時診治的患者，病情可能進展嚴重，導致大便失禁等后遺癥，預后情況可能不太理想，甚至存在致死風險。