蛋白質在胃里主要會消化成多肽和寡肽。

食物中的蛋白質在進入人體后，首先在胃里經過胃蛋白酶的消化作用。胃蛋白酶主要水解那些R基較大、疏水性較強的氨基酸，這使得肽鏈得以進一步形成。值得注意的是，食物在胃中的停留時間相對較短，因此蛋白質在胃中的消化程度通常僅為10%~20%，其消化后的主要產物是多肽和寡肽。

盡管胃蛋白酶在胃內的存在對于蛋白質的消化是有幫助的，但它并不是必需的。對于那些不分泌酸的惡性貧血患者以及進行過胃切除手術的人來說，他們的食物蛋白質消化過程并不會因為沒有胃蛋白酶而受到影響。胃蛋白酶的另一個作用是能夠使乳酪蛋白形成凝塊，從而延長食物在胃內的停留時間，使得消化更為充分。這一點對于嬰兒來說尤為重要。