真菌性腸炎主要是真菌感染引起，但引起真菌感染的因素則包括腸道損傷、濫用藥物、腫瘤等。

1.腸道損傷

患者患消化性潰瘍、潰瘍性結(jié)腸炎、克羅恩病等疾病可引起腸道損傷并誘發(fā)真菌感染，從而引起真菌性腸炎。

2.濫用藥物

患者濫用免疫抑制劑可降低自身免疫力，從而導(dǎo)致真菌侵襲腸道引起真菌性腸炎。

3.腫瘤

患者腸道內(nèi)形成腫瘤也可導(dǎo)致腸道損傷并影響免疫功能，從而形成真菌感染引起真菌性腸炎。