肛瘺較難治愈，若是不及時(shí)治療患者可能終身患有該疾病。該疾病還會因?yàn)殚L期的反復(fù)發(fā)作而有肛周膿腫破潰的情況，在原先的部位上有新瘺口形成，甚至?xí)袕?fù)雜性肛瘺出現(xiàn)，手術(shù)治療后難度較大，術(shù)后復(fù)發(fā)率增高，患者還可能會有并發(fā)癥出現(xiàn)。若是反復(fù)的進(jìn)行手術(shù)治療，局部組織會有增生情況，可能導(dǎo)致肛管狹窄，患者會有排便不暢的情況。也可能局部有瘢痕形成，患者的肛門括約肌會失去彈性，導(dǎo)致大便失禁等情況。