月經干凈后有褐色分泌物可能是因為月經在經期內沒有排干凈，仍有少量經血殘留在陰道中，在陰道中氧化后，在月經結束后一到兩天排出引起的；也有可能是由于內分泌失調、陰道炎、宮頸炎等炎癥所引起的月經結束后有褐色分泌物。

月經完后有褐色分泌物有一定幾率是排卵期出血引起的，處于排卵期女性激素會紊亂，這會造成子宮內膜少量脫落，引起出血。如果這種癥狀頻繁出現，這可能是婦科疾病，比如陰道炎、宮頸炎、宮頸息肉等疾病引起的。