高錳酸鉀常用于婦科炎癥和肛門部位疾病的治療，這是一直外用的殺菌消毒劑。在使用時用涼白開和高錳酸鉀混合攪拌均勻，當水出現粉紅色就能進行清洗，溶液配置好后要在兩個小時內使用，否者將失去清潔效果。

高錳酸鉀的腐蝕性很強所以在使用時不能濃度配置的太高。高錳酸鉀在和水配置時要一比五千，并將齊攪拌均勻，水出現淡粉色即可開始坐浴。坐浴時間大概在二十分鐘左右，坐浴后不用再次進行清洗。且在治療期間要避免食用刺激性的食物。