注射低分子肝素鈉時，有些患者的注射部位會出現(xiàn)瘀點﹑瘀斑，嚴重一點會有堅硬炎性結節(jié)，但是通常會在幾天后緩解，不需要治療。局部或全身也可能發(fā)生皮膚的過敏現(xiàn)象，還有免疫性血小板減少癥伴有血栓。

注射低分子肝素鈉的不良反應通常都與其治療作用有關，主要就是引起各種類型的出血傾向，如皮膚淤點瘀斑，注射部位出現(xiàn)血腫，血小板減少，口腔，牙齦等部位的出血傾向。用藥過程中需要定期檢查凝血功能，肝功能。