肛門囊腫的病因尚不明確，可能和先天發(fā)育畸形、局部創(chuàng)傷、毛囊皮脂腺口堵塞等因素有關(guān)，具體如下：

1、先天發(fā)育畸形

患者在胚胎階段，因肛門部分上皮組織發(fā)育畸形，可能可伴隨先天性肛門囊腫的情況。

2、局部創(chuàng)傷

肛門在遭受創(chuàng)傷或手術(shù)后，可導(dǎo)致局部發(fā)生損傷，傷口修復(fù)過程中，表皮碎片可卷入真皮中生長，導(dǎo)致肛門囊腫。

3、毛囊皮脂腺口堵塞

患者因肛門處毛囊皮脂腺口堵塞，造成大量皮脂聚積，也可形成肛門囊腫。