先天性肥厚性幽門狹窄的發(fā)病原因尚未明確，可能是與遺傳因素、消化道激素水平紊亂、神經(jīng)異常等因素有關。

1、遺傳因素：有研究表明本病是一種多基因遺傳病，如果家族中有長輩患有本病，則后代患病的幾率會比正常人要高。

2、消化道激素水平紊亂：研究發(fā)現(xiàn)腦啡肽、P物質、胃泌素等消化道激素紊亂，與幽門肥厚的形成有一定的關系。

3、神經(jīng)異常：如果患者神經(jīng)節(jié)細胞發(fā)育異常，會使控制幽門肌肉的神經(jīng)失調，造成幽門肌肉痙攣，容易引起先天性肥厚性幽門狹窄。