對于肝內(nèi)膽管結(jié)石的處理還需要根據(jù)結(jié)石的大小所處膽管的位置，周圍有無相應(yīng)的病變以及患者的臨床癥狀而綜合考慮。如果肝內(nèi)膽管結(jié)石較小，沒有引起膽管的狹窄和膽管的擴張，周圍肝組織也是正常的。

這種情況可以給予定期彩超隨訪觀察，無需處理。如果肝內(nèi)膽管結(jié)石反復(fù)引起膽管炎，臨床上出現(xiàn)右上腹疼痛、寒戰(zhàn)高熱甚至黃疸，進一步檢查可以見相應(yīng)膽管的狹窄和遠端膽管的擴張，相應(yīng)所屬肝組織的萎縮，這種情況下還應(yīng)當考慮積極的手術(shù)治療。

如果出現(xiàn)膽道的狹窄和肝臟的萎縮還是建議行手術(shù)切除病灶，首選腹腔鏡下手術(shù)切除。而對于單純的膽管擴張合并肝內(nèi)膽管結(jié)石，可以通過經(jīng)脾肝穿刺，膽道鏡取石的方法來達到治療的目的。

對于肝內(nèi)膽管結(jié)石反復(fù)發(fā)作疑似有膽以及肝臟癌變的患者，還應(yīng)當做手術(shù)性根治性的切除。