藥物流產可能會導致不孕或懷孕困難，因為藥物流產流血時間長，流血量多，感染的機會大，比如感染子宮內膜炎、子宮肌層炎、輸卵管炎等機會就比較大，會導致輸卵管堵塞，造成以后懷孕困難。

藥物流產還容易引起月經不規(guī)律，月經量少，內分泌失調，導致排卵不正常，從而影響女性懷孕。因此，在決定終止妊娠時，最好選擇做人工流產。