半夜肛門墜痛的原因可能是由于肛腸疾病引起的，如直腸潰瘍、痔瘡、肛瘺、肛裂等，這些疾病會導致肛門損傷，從而引起疼痛不適的癥狀。還可能是由于消化道疾病引起的癥狀，如急性胃腸炎。如果飲食不當，進食過多辛辣刺激的食物，刺激肛周粘膜，導致肛門水腫疼痛不適的癥狀。此外不排除是由于直腸癌引起的。如果癥狀持續(xù)不能緩解，需要及時去醫(yī)院進行胃腸鏡檢查，明確診斷病因。