不能，懷孕三個月藥流，藥物流產(chǎn)是指口服米非司酮和米索前列酮來終止妊娠的辦法，一般是用于停經(jīng)49天以內(nèi)、孕囊小于2cm以下的孕婦。懷孕已經(jīng)三個月了，單純的采用藥流是流不干凈的，需要通過藥流加清宮的方法才能流干凈。

藥物流產(chǎn)是不能流干凈的，還是建議進行人工流產(chǎn)。因為時間長了，凝血機制就會出現(xiàn)一定的問題，藥物流產(chǎn)有流產(chǎn)不凈的情況，是需要進行清宮手術(shù)的，平時要注意胎兒的情況，定期檢查。