復方黃連素建議飯后半小時服用，黃連素片會刺激胃黏膜。引起胃腸道惡心、嘔吐等不適癥狀。飯后服用可以有效減少黃連素的副作用，較對胃腸道的刺激。多飲水促進肝臟代謝。

復方黃連素片又稱小檗堿，是治療急慢性腸炎的藥物。黃連素具有抗菌消炎的作用，所以主要用于細菌性的腸炎。一般所適用的病癥就是腹痛腹瀉，而只有腹脹應該是胃腸蠕動減慢，消化不良引起的，吃黃連素并不適合，還有可能會導致菌群失調，所以最好還是使用促進幫助消化的藥物治療。如果非要吃黃連素片，飯前飯后都是可以的。