病原體和化學物品可能通過分子模擬導致機體免疫耐受喪失，參與自身免疫性肝病的發(fā)病，而抗原特異性T細胞與自身抗原、病原體、化學物品發(fā)生交叉反應是分子模擬機制的核心。
1.感染
尤其是肝炎病毒(甲、乙、丙型)和麻疹病毒。其機制可能是通過分子模擬機制與肝臟組織發(fā)生自身免疫反應，導致肝臟損害。最近，免疫組織化學發(fā)現(xiàn)，許多PBC患者血清對逆轉(zhuǎn)錄病毒蛋白具反應性，這種情況也存在于PSC，提示病毒感染或人類內(nèi)源性逆轉(zhuǎn)錄病毒的激活可能是誘發(fā)PBC的機制之一。PSC與炎性腸病密切相關，曾有學者認為腸道細菌可能從炎癥腸道黏膜移位至膽管，引起膽管炎癥，但是未得到支持。膽管樹的細菌或病毒感染可能是PSC的病因，但目前仍缺乏證據(jù)。
2.化學因素
除了病原微生物，某些化學物品也可能通過分子模擬機制誘發(fā)自身免疫性肝病，許多化學物品在肝臟代謝，因此增加了自身免疫性肝病的發(fā)生率，近年來報道替尼酸、雙肼屈嗪、氟烷、米諾環(huán)素、呋喃妥因等藥物可誘發(fā)自身免疫性肝病。
自身免疫性肝病的病因
自身免疫性肝病的病因尚未明確，目前認為主要與遺傳易感性和分子模擬機制有關。
一、遺傳易感性
自身免疫性肝病有家庭聚集傾向，原發(fā)性膽汁性肝硬化一級親屬患病率為4282/10萬，約為普通人群的100倍，自身免疫性肝炎和原發(fā)性硬化性膽管炎也存在明顯的家族成員集中發(fā)病現(xiàn)象。
二、分子模擬機制
分子模擬是指病原體感染機體時，由于病原體的某些抗原表位與人體組織蛋白的抗原表位相同或相似，導致病原體刺激機體產(chǎn)生的激活淋巴細胞，或抗體與組織抗原發(fā)生交叉反應，導致組織、器官的損傷。