可以引起嬰兒肝炎綜合征的原因很多，可分下列三類：
(1)肝細胞損害
巨細胞包涵體病毒(CMV)是我國嬰兒肝炎綜合征的主要病原，約占1/4;乙肝病毒、EB病毒、敗血癥、弓形蟲病，比較少見;新生兒靜脈高營養(yǎng)，如果連續(xù)應用2周以上也可引起此病。
(2) 肝內、外膽管阻塞
包括肝內膽管發(fā)育不良、膽汁粘稠綜合征、先天性膽道閉鎖和總膽管囊腫等。
(3)先天性代謝缺陷
某些先天性代謝疾病，可引起肝臟病變，如α1抗胰蛋白酶缺乏癥、半乳糖血癥、酪氨酸血癥、遺傳性果糖不耐受癥等。
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