肉眼檢查：依據(jù)典型皮損形態(tài)進(jìn)行判斷
分子生物學(xué)檢查：用PCR方法檢測(cè)人乳頭狀病毒(HPV)。
細(xì)胞學(xué)檢查：一般適用于女性陰道內(nèi)病變，取陰道宮頸等組織涂片，做巴氏染色，可見(jiàn)到空泡化細(xì)胞及角化不良細(xì)胞。
輔助檢查(實(shí)驗(yàn)室檢查)：根據(jù)皮疹特點(diǎn)、發(fā)病部位，結(jié)合病史一般診斷不難。必要時(shí)可做醋酸白試驗(yàn)、細(xì)胞學(xué)檢查、組織病理學(xué)檢查協(xié)助診斷。
組織病理學(xué)活檢：鏡下主要可見(jiàn)有假上皮瘤樣增生，顆粒層和棘細(xì)胞上部有明顯空泡變性;有真皮水腫，毛細(xì)血管擴(kuò)張，周?chē)械榷嚷匝仔约?xì)胞浸潤(rùn)。其特征性病理變化是空泡狀細(xì)胞。
醋酸白試驗(yàn)： 即用5%醋酸溶液外搽或濕敷患處，3~5分鐘后，病灶局部變白且境界清楚者為陽(yáng)性。其機(jī)制可能是被HPV感染的上皮細(xì)胞角蛋白在上皮內(nèi)表達(dá)增加，易被醋酸凝固而發(fā)白。臨床實(shí)踐中，少數(shù)大型醫(yī)院已經(jīng)將醋酸白試驗(yàn)作為尖銳濕疣常規(guī)必需要做的檢查，其目的一方面是為了診斷，另一方面是為了標(biāo)示臨床感染及亞臨床感染病灶，有一定的定位功能，以盡可能徹底地清除病灶。但在大部分醫(yī)院不作為常規(guī)使用。
光動(dòng)力定位診斷：是尖銳濕疣診斷的最前沿進(jìn)展，其基本原理是利用短波長(zhǎng)的激發(fā)光，激發(fā)蓄積光敏劑的病灶細(xì)胞產(chǎn)生紅光，從而與正常組織相區(qū)別。操作時(shí)先用10~20%的鹽酸氨酮戊酸水溶液濕敷患處，2-4小時(shí)后用短波長(zhǎng)的光(一般采用400-410nm的波長(zhǎng))照射，病灶部位就會(huì)呈紅色。其優(yōu)點(diǎn)是不但能夠顯示臨床病灶及亞臨床感染，還能夠顯示潛伏感染部位，因而，其意義不僅在于診斷，還有定位指導(dǎo)臨床治療的意義。
鑒別診斷：以下疾病在皮損的狀態(tài)上與尖銳濕疣有相似之處，容易造成臨床誤診，需要與尖銳濕疣鑒別。
1，皮脂腺異位癥：發(fā)生于陰莖龜頭、陰唇粘膜的針頭大小、孤立、無(wú)重疊生長(zhǎng)的黃白色小丘疹，無(wú)自覺(jué)癥狀。
2，扁平濕疣： 為二期梅毒的一種表現(xiàn)，皮損為浸潤(rùn)、光滑的扁平狀隆起，無(wú)蒂，損害內(nèi)可查到梅毒螺旋體，梅毒血清學(xué)反應(yīng)陽(yáng)性。
3，陰莖珍珠狀丘疹?。呵鄩涯甓嘁?jiàn)，表現(xiàn)為沿冠狀溝排列的珍珠狀、白色或淡紅色的圓錐狀、球形或不規(guī)則的半透明丘疹，互不融合，無(wú)自覺(jué)癥狀。
4，生殖器癌：多見(jiàn)于中年后，呈外向性生長(zhǎng)向深部浸潤(rùn)明顯，可形成潰瘍并發(fā)感染，性質(zhì)堅(jiān)硬，易出血，有惡臭，組織病理可見(jiàn)細(xì)胞間變、無(wú)空泡細(xì)胞。
5，鮑溫樣丘疹?。罕静樵话?，主要與HPV16感染有關(guān)。表現(xiàn)為多發(fā)性暗紅色或棕紅色小丘疹，散在分布或群集排列成線狀或環(huán)狀，發(fā)展緩慢，組織學(xué)上類(lèi)似鮑溫病樣改變。
6，假性濕疣(又稱(chēng)絨毛狀小陰唇)：青年女性小陰唇內(nèi)側(cè)出現(xiàn)群集不融合的魚(yú)卵樣小丘疹，部分呈絨毛狀，粘膜色或淡紅色，表面光滑無(wú)自覺(jué)癥狀，觸之有顆粒感或柔軟感，多有白帶增多等癥狀，與長(zhǎng)期陰道分泌物刺激有關(guān)。組織病理變化為慢性炎癥表現(xiàn)，缺乏特異性空泡細(xì)胞等改變。醋酸白試驗(yàn)陰性。
以上病變有些是比較嚴(yán)重的疾病，比如生殖器癌、鮑溫樣丘疹病，按照臨床的診療常規(guī)是需要首先進(jìn)行排除的;有些是全身疾病的局部表現(xiàn)，比如扁平濕疣，如果誤診會(huì)錯(cuò)過(guò)治療時(shí)機(jī)而造成嚴(yán)重后果;而有些病變屬于良性病變亦不屬于性傳播性疾病，不需要特殊的處理，如假性濕疣等，但是有些個(gè)體診所為了追求經(jīng)濟(jì)利益，隱瞞患者真實(shí)的病情，給患者造成極大的心理負(fù)擔(dān)和經(jīng)濟(jì)負(fù)擔(dān)，有的患者在個(gè)體診所花費(fèi)數(shù)萬(wàn)甚至十?dāng)?shù)萬(wàn)治療所謂的“花柳病”。但是這樣的疾病在正規(guī)醫(yī)院經(jīng)過(guò)常規(guī)治療會(huì)獲得很好的預(yù)后，費(fèi)用也不會(huì)如此驚人。