典型病例的診斷一般無困難。但疾病早期，常因癥狀不明顯或缺乏特征性而易漏診。
下列幾點可做為診斷本病的依據(jù)
一、臨床表現(xiàn)有長期發(fā)熱、盜汗、腹痛、腹瀉(或便秘)的青壯年患者。
二、肺結(jié)核或其它腸外結(jié)核患者原病灶已好轉(zhuǎn)，但消化道癥狀和結(jié)核毒血癥狀反見加重者。
三、右下腹腫塊伴壓痛，或出現(xiàn)原因不明的不完全性腸梗阻表現(xiàn)者。
四、胃腸X線檢查回盲部有激惹、鋇劑充盈缺損或狹窄征象者。
對于疑有腸結(jié)核的患者，在初步排除相關(guān)的疾病后，仍難確診時， 可給予抗結(jié)核藥物，治療兩周，觀察療效，以幫助診斷。