灰指甲的診斷常根據(jù)患者的病程、癥狀、指(趾)甲的外觀就可以確立，但明確診斷還需要依靠甲的真菌檢查。指(趾)甲出現(xiàn)異常并不一定就是灰指甲，許多皮膚疾病和全身性疾病都可能累及指(趾)甲導(dǎo)致指甲變形、變色、增厚、出現(xiàn)白點(diǎn)、表面隆起或凹陷等改變。牛皮癬、甲濕疹、連續(xù)性肢端皮炎、雷諾綜合征等疾病導(dǎo)致指(趾)甲的改變都與灰指甲類似，由于這些疾病都不是感染性疾病，不能查到病原菌，以此可與灰指甲可以鑒別。
患者自己往往很難分辨指甲改變的原因，醫(yī)生也不能單憑經(jīng)驗(yàn)而下診斷，確診灰指甲最根本的證據(jù)就是真菌檢查。在患甲上刮取少量碎屑，直接涂片用顯微鏡觀察或者在真菌培養(yǎng)基上培養(yǎng)，真菌感染者可看到真菌的孢子和菌絲或培養(yǎng)出真菌菌落，而非真菌感染者則不能看到或培養(yǎng)出。
無論顯微鏡檢查還是培養(yǎng)基培養(yǎng)，在采取標(biāo)本時(shí)都應(yīng)刮取盡可能細(xì)的患甲細(xì)末，有些醫(yī)院由于條件有限不能進(jìn)行真菌檢查，可將患甲細(xì)末寄到大醫(yī)院去檢查，一般不會(huì)影響檢查結(jié)果的正確性。