1、腹痛其它有腹痛、腹瀉、右腹腫塊的腸結(jié)核病例還應(yīng)與慢性細菌性痢疾、慢性非特異性潰瘍性腸結(jié)核、慢性、慢性闌尾四面膿腫、腸套疊等相辨別。
2、右側(cè)結(jié)腸癌發(fā)作年齡比較大，常在40歲以上，無腸外結(jié)核證據(jù)，一般無結(jié)核毒性癥狀，病情呈進行性進展。
X線現(xiàn)象主要是回盲部鋇劑充盈缺損，涉及范圍局限，不累及回腸。腸阻塞癥狀比較早，纖維結(jié)腸鏡診斷可窺見腫瘤，在直視下活檢可證實結(jié)腸癌。
3、局限性腸炎本病的臨床癥狀與X線現(xiàn)象與腸結(jié)核相似，主要的不一樣在于病程一般比腸結(jié)核更漫漫，有減輕與復(fù)發(fā)的交替發(fā)生;X線征象主要在回腸末段，有邊沿不齊的線條狀陰影，腸曲病變呈分段分布，間以擴張的腸曲。腸阻塞、糞瘺等并發(fā)癥一般比腸結(jié)核更加通常，抗結(jié)核診斷無效。
4、判斷在重癥而比較晚期的病例，因有開放性肺結(jié)核證據(jù)，并伴有腹痛、腹瀉、發(fā)熱等癥狀，判斷一般無障礙。
初期判斷常因癥狀不分明和缺乏特點性，而易漏診。此時，臨床判斷的確立主要依靠胃腸X線診斷。
對疑似的腸結(jié)核病人可給予足量的抗結(jié)核藥物診斷兩周，觀察臨床癥狀有無好轉(zhuǎn)，以便明確判斷。對增生型腸結(jié)核病人，有時需要進行剖腹探察才干最后診斷。
5、纖維結(jié)腸鏡診斷一般不作為常規(guī)性診斷，如病變累及上段結(jié)腸，作纖維結(jié)腸鏡診斷及腸粘膜活檢能夠明確病變的性質(zhì)和范圍。