典型病例的診斷一般無困難。但疾病早期，常因癥狀不明顯或缺乏特征性而易漏診。下列幾點(diǎn)可做為診斷本病的依據(jù)。
1、有病史
青壯年患者，原有腸外結(jié)核，特別是開放性肺結(jié)核，或與開放性肺結(jié)核患者有密切接觸史者;
2、有腹瀉、腹痛、便秘等
有腹瀉、腹痛、便秘等消化道癥狀，并伴有發(fā)熱、盜汗等全身癥狀;
3、腹部有腫塊
腹部檢查發(fā)現(xiàn)右下腹壓痛，或伴包塊，或出現(xiàn)原因不明的腸梗阻;
4、血液檢查
可有中度貧血，白細(xì)胞計(jì)數(shù)正常，淋巴細(xì)胞增高，血沉多明顯增高;
5、糞便檢查
糞便多為糊樣，一般不含黏液或膿血，常規(guī)鏡檢可見少量膿細(xì)胞和紅細(xì)胞。糞便濃縮找結(jié)核桿菌，陽性者有助于腸結(jié)核的診斷，但僅在痰液檢查陰性者才有意義;
6、X線檢查
鋇劑在病變腸段呈激惹征象，排空很快，充盈不佳，而在病變上下腸段的鋇劑充盈良好，回腸末段有鋇劑潴留積滯。病變腸道如能充盈，可見黏膜皺襞粗亂，腸壁邊緣不規(guī)則，有時(shí)呈鋸齒狀。也可見腸腔變窄，腸段收縮變形，回腸盲腸正常角度消失;
7、纖維結(jié)腸鏡檢查
一般不作常規(guī)檢查。如病變累及上段結(jié)腸，為了明確潰瘍的性質(zhì)與范圍，則對(duì)診斷與鑒別診斷有很大幫助;
此外，在本病的早期，因癥狀多不明顯，診斷常有困難，有時(shí)X線檢查也呈陰性，因此在疑為腸結(jié)核的患者，應(yīng)定期隨診或作診斷性抗結(jié)核治療。