結(jié)腸炎的發(fā)病原因尚不能完全明確，目前公認的可能病因有：
本病并發(fā)自身免疫病者較多，腎上腺皮質(zhì)激素能使病情緩解，在部分患者的血清中可查到抗結(jié)腸上皮細胞抗體，所以認為本病的發(fā)生可能與自身免疫反應有關(guān)。另外，某些患者感染腸道菌后，可與結(jié)腸上皮細胞抗原起免疫反應，損傷結(jié)腸粘膜，并且患者的淋巴細胞對胎兒結(jié)腸上皮細胞有細胞毒作用，提示懷疑結(jié)腸炎的發(fā)生還可能與細胞免疫異常有關(guān)。
本病的病理變化和臨床表現(xiàn)與一些結(jié)腸感染性疾病(如細菌性痢疾)相似，因而有些人認為感染是本病的病因。在細菌、真菌和病毒等多種因素中，目前的研究表明病毒的可能性較大。
本病的血緣家庭發(fā)病率較高，據(jù)歐美文獻統(tǒng)計，潰瘍性結(jié)腸炎病人的直系血緣親屬中，約15-30％的人發(fā)病。此外，雙胞胎的研究表明，單合子比雙合子更容易發(fā)病，也就是說本病的發(fā)生可能與遺傳因素有關(guān)系。
精神因素在發(fā)病中也可能起一定作用，患者多有某些性格特征，對于生活中重大事件的心理承受能力和適應性差，屬心身疾病一類，心身疾病強調(diào)心里因素在疾病的發(fā)生或病程中起重要作用。