腸結(jié)核起病緩慢，早期癥狀不明顯，可僅有消化不良癥狀，患者常伴有活動性腸外結(jié)核，其臨床表現(xiàn)可被遮蓋而被忽略。
在急性進展期則有不同程度的發(fā)熱、盜汗、腹痛、腹瀉、體力減弱、消瘦及蒼白等癥狀，易誤診為原發(fā)病(如肺結(jié)核等)的惡化。因此，活動性腸外結(jié)核病例，如出現(xiàn)明顯消化道癥狀，應考慮腸結(jié)核存在的可能性。
腹瀉是潰瘍型腸結(jié)核的主要表現(xiàn)之一，每日排便2～4次不等，糞便呈糊樣，或水樣，通常無肉眼可見的粘液、膿或血液，不伴里急后重。
但在病變嚴重、范圍廣泛的患者，腹瀉次數(shù)則可增多，甚至每日達10余次，可有惡臭，有時糊便出現(xiàn)粘液、膿液，血便少見。
此外間有便秘，大便呈羊糞狀，隔數(shù)日再有腹瀉，腹瀉與便秘交替，在過去常被強調(diào)是本病的臨床特征，實際上系腸功能紊亂的一種表現(xiàn)，也可見于其他腸道器質(zhì)性病變，如大腸癌。
腹瀉前常有右下腹隱鈍痛，伴上腹臍周牽涉痛，有時腹痛在進餐時誘發(fā)，便后有不同程度的緩解。并發(fā)腸梗阻時，有腹絞痛，常位于右下腹，伴腹脹、腸鳴音亢進、腸型與蠕動波。
當潰瘍型腸結(jié)核合并局限性腹膜炎，同時有腸系膜淋巴結(jié)核及粘連時，腹部除有揉面感外，在右下腹可觸及質(zhì)地中等的包塊。
患者常有結(jié)核病毒血癥，表現(xiàn)為午后低熱、不規(guī)則熱、弛張熱或稽留熱，伴有盜汗?；颊呔氲 ⑾?、蒼白，隨病程發(fā)展可出現(xiàn)維生素缺乏、脂肪肝、營養(yǎng)不良性水腫等表現(xiàn)。